Ο οικισμός Μελιδόνι βρίσκεται στους πρόποδες του Κουλούκωνα σε υψόμετρο 100μ. Απέχει από το Ρέθυμνο 28 χλμ.
Η ονομασία Μελιδόνι πιθανόν προέρχεται από το βυζαντινό επώνυμο Μελιδόνης, το οποίο υπάρχει ακόμα και σήμερα στο χωριό και σε άλλα μέρη της Κρήτης. Σύμφωνα με νοταριακά κείμενα και καταγραφές περιουσιακών στοιχείων, στο Μελιδόνι στα μέσα του 16ου αιώνα ζούσαν 195 οικογένειες. Οι συνθήκες διαβίωσης ήταν δυσχερείς, δεδομένου ότι τα σπίτια του οικισμού είχαν λιγοστά δωμάτια και εκτός από χώροι διαμονής, χρησιμοποιούνταν και ως χώροι αποθήκευσης αγροτικών προϊόντων και στέγασης οικόσιτων ζώων και πτηνών. Στις ίδιες πηγές αναφέρεται ότι η περιοχή παρήγαγε λάδι, κρασί, χαρούπια και δημητριακά και τα κύρια έσοδα προέρχονταν από την παραγωγή του σιταριού.
Το 1583 στην συστηματική απογραφή του πληθυσμού της Κρήτης από τον Πέτρο Καστροφύλακα στο Μελιδόνι καταγράφονται 645 κάτοικοι. Στην οθωμανική απογραφή του 1671 σημειώνεται ότι στο Μελιδόνι αντιστοιχούσαν 106 χαράτσια (κεφαλικός φόρος). Στην απογραφή του 1881 το Μελιδόνι αναφέρεται ως έδρα του ομώνυμου δήμου που είχε 464 χριστιανούς και ένα μουσουλμάνο κάτοικο. Στην Κρητική Χωρογραφία του 1903 αναφέρεται ότι ο πληθυσμός του Μελιδονίου ήταν 607 κάτοικοι. Στην ίδια πηγή δίνονται στοιχεία και για τις καλλιέργειες που εξακολουθούν να είναι τα σιτηρά, οι ελιές, τα αμπέλια και οι χαρουπιές.
Tο Μελιδόνι αποτελούσε ένα από τα μεγαλύτερα χωριά του Μυλοποτάμου. Εκεί είχε την έδρα του ο επίσκοπος Αυλοποτάμου Παρθένιος (1777-1820), γνώστης της Αστρονομίας και σπουδαίος ζωγράφος.
Στο Μελιδόνι βρίσκεται και ένα από σπουδαιότερα επισκέψιμα μνημεία του Μυλοποτάμου ο Γεροντόσπηλιος ή Σπήλαιο του Μελιδονίου.
