Ο οικισμός Μαργαρίτες βρίσκεται στους βόρειους πρόποδες του Ψηλορείτη σε υψόμετρο 300μ. Απέχει από το Ρέθυμνο 27 χλμ.
Στις ενετικές απογραφές και σε έγγραφα της περιόδου αναφέρεται ως «Μαγαρίτες» που είναι και το αρχικό όνομα του χωριού. Μαγαρίτες αναφέρεται και σε όλη τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας. Κατά την άποψη κάποιων μελετητών το πραγματικό όνομα έχει σχέση με τη βυζαντινή λέξη μαγαρικόν καθώς μαγαρικά ονομάζονταν κατά την βυζαντινή περίοδο τα πήλινα σκεύη.
Θεωρείται το μεγαλύτερο κέντρο αγγειοπλαστικής στη Δυτική Κρήτη και ένα από τα σημαντικότερα κέντρα κεραμικής στην Ελλάδα. Ο βασικός λόγος είναι η εξαιρετικής ποιότητας και σε μεγάλα αποθέματα, πρώτη ύλη που διαθέτει η οποία δεν είναι άλλη από το αργιλώδες χώμα. H πρώτη αναφορά για την ενασχόληση των Mαργαριτσανών με την κεραμική προέρχεται από τον αμερικανό περιηγητή Richard Pococke, ο οποίος ταξίδεψε στην Kεντρική και τη Δυτική Kρήτη, το 1739.
Το χωριό παρουσιάζει όμως και ιστορικό ενδιαφέρον. Πρόκειται για μια περιοχή που ήκμαζε πολιτιστικά για αιώνες, από την αρχή της Ενετοκρατίας και έπειτα, γεγονός που μαρτυρά η αρχιτεκτονική του οικισμού. Επί Ενετοκρατίας υπήρχαν πολλές και μεγάλες κατοικίες Ενετών αρχόντων περίτεχνης αρχιτεκτονικής, όπως η οικία της σημαντικής ενετικής οικογένειας Dandolo, με την οποία συνδέεται επιγραφή, όπου υπάρχουν τα γράμματα Ζ D και η γειτονική της εκκλησία αφιερωμένη στον Αγ. Δημήτριο.
Στις Μαργαρίτες σώζονται πολλοί βυζαντινοί ναοί. Ο ναός του Αγ. Ιωάννου του Θεολόγου, του 1383, ο ναός του Αγ. Γεώργιου που χρονολογείται στις αρχές του 14ου και του Αγ. Ιωάννη του Προδρόμου στις αρχές του 15ου αιώνα. Και οι τρεις ναοί είναι με τοιχογραφίες. Σύμφωνα με τοπική παράδοση όταν κτίστηκε η εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, τα αρχοντόπουλα Καλλέργης και Βαρούχας, που κατοικούσαν στο χωριό, πήγαν στην Κωνσταντινούπολη και έφεραν μια υφαντή θύρα για την Ωραία Πύλη της εκκλησίας. Στη θύρα αυτή είχαν κεντηθεί υπόλευκες μαργαρίτες και κρίνα. Με πρότυπο τη θύρα οι υφάντρες του χωριού ύφαιναν τα περίφημα Μαργαριτσιανά υφαντά που είναι περιζήτητα. Το υφαντό μοτίβο της μαργαρίτας πάντως, δεν έχει καμία σχέση με την ονομασία του χωριού, μια και το όνομα προηγείται χρονικά. Ένας ξεχωριστός ναός είναι η Παναγία η Περδικιώτισσα. Σύμφωνα με τοπική παράδοση, στη θέση της σημερινής εκκλησίας υπήρχε βάτος. Όταν κάτοικοι της περιοχής θέλησαν να τον κάψουν για να ανοίξουν πέρασμα, άκουσαν μια πέρδικα να κακαρίζει μέσα στο βάτο. Έψαξαν να βρουν τη φωλιά και βρήκαν ένα εικόνισμα της Παναγίας. Γι ‘αυτό έχτισαν εκεί εκκλησία που ονομάστηκε «Παναγία η Περδικιώτισσα».
