L’église Saint-Jean le Théologien de Margarites est située du côté sud-ouest de la colonie. Il s’agit d’un bâtiment voûté d’une seule pièce. À l’origine, le temple était plus grand ou était relié à un bâtiment, comme en témoignent les vestiges architecturaux des ajouts qui l’entourent, à partir desquels les restes d’une arcade ont été conservés. À l’intérieur du temple, chaque côté allongé est orné de trois arcs aveugles. Le sanctuaire est séparé de la partie principale du temple par une impressionnante iconostase en pierre. L’entrée principale du temple a une porte sculptée en porolit. Le programme pictural comprend le portrait funéraire du prêtre George Klados, décédé en 1383, des scènes de la vie de saint Jean le Théologien et de divers saints parmi lesquels se distingue Sainte Mère, représentée jeune, imberbe, avec une couronne et un agneau à la main. Cette représentation est particulièrement fréquente dans les zones d’élevage de bétail, comme dans le district de Mylopotamos, où le Saint est le patron des troupeaux. Lui-même fut d’abord berger puis devint officier.