L’église Saint-Jean-le-Précurseur de Margarites est située au centre de la colonie. Il appartient au type architectural du temple voûté à une seule pièce. Peu de ses fresques survivent et ont été découvertes sous la chaux lors de travaux de conservation. Les fragments des fresques présentent un intérêt particulier, car ils témoignent de l’existence d’un cycle de la vie de saint Jean et de sa Seconde Venue. La plasticité des visages et l’alternance des couleurs situent le décor pictural de l’église au début du XVe siècle.