Sous la domination vénitienne, une situation différente de celle du reste de la Crète se dessina à Mylopotamos, grâce à l’action de la puissante famille aristocratique des Kallergos. Alexios Kallergis organisa une révolution contre Venise et signa en 1299 un traité avec les Vénitiens, par lequel il ouvrit la voie à la noblesse crétoise, c’est-à-dire à l’octroi de titres de noblesse par Venise aux Crétois et pas seulement aux aristocrates vénitiens. Parallèlement, il réussit à fonder un diocèse orthodoxe à Mylopotamos. Le siège de la famille Kallergi se trouvait dans la forteresse d' »Apano Kastri ». Au-dessus de Kastri, dans une forteresse rocheuse, sont conservés les vestiges architecturaux de la forteresse médiévale « Apano Kastri » ou « Apano Kasteli ». La forteresse, comme le mentionne Lorenzo De Monacis dans sa chronique, a été fondée par la famille Kallergi. Cette zone fut choisie par Alexios Kallergis, au XIIIe siècle, comme lieu de résidence et base de batailles contre les concurrents vénitiens et grecs. Le nom de la colonie est dû à cette forteresse.
