Le village d’Episkopi est situé à 270 m d’altitude et à 35,5 km. de Réthymnon. C’était le siège de l’épiscopat d’Avlopotamos dès le début de la IIe période byzantine. L’église d’Agios Ioannis, aujourd’hui en ruine, connue sous le nom de Fragoklisia, a été construite sur les ruines d’une basilique paléochrétienne, comme en témoignent les membres sculptés de la première église qui ont été réutilisés. C’est un grand temple à inscription cruciforme. C’était la cathédrale et le siège initialement du diocèse byzantin d’Avlopotamos et plus tard du diocèse latin. Des parties de fresques du XIVe siècle sont conservées dans le sanctuaire. Le temple a subi de nombreuses conversions, rénovations et plusieurs phases de construction peuvent être distinguées. Dans l’un d’eux, un socle avec une grande inscription gravée avec la date MDLXVIII (c’est-à-dire 1568) et un bouclier en relief associé à l’évêque latin Iakovos Sorreto a été placé à l’entrée sud. Au sud de l’église, a été construit le palais épiscopal, où vivait l’évêque.
Pendant la période de l’occupation turque (1669-1878), l’ensemble du complexe subit de nombreuses reconstructions. En plus de l’église Saint-Jean, il y a aussi l’église Saint-Georges de l’époque vénitienne, Saint-Antoine et l’église caverneuse de Sainte-Théodora.
Le village est resté presque inchangé, préservant des bâtiments importants de la période de la domination vénitienne en Crète. C’est pour cette raison qu’il a été classé monument protégé. De nombreux bâtiments de la colonie témoignent de la manière dont les éléments de l’architecture vénitienne ont évolué et ont été intégrés dans l’architecture populaire crétoise.
