Après la reconquête de la Crète par les Byzantins en 961, l’ancien diocèse d’Eleftherni fut rebaptisé Avlopotamos ou Mylopotamos avec son siège dans l’actuel village d’Episkopi dans la municipalité de Mylopotamos, d’où vient le nom de la colonie.
L’église épiscopale d’Agios Ioannis dans le diocèse de Mylopotamos
L’église d’Agios Ioannis du diocèse de Mylopotamos, connue sous le nom de Fragoklissia, est située au centre de la colonie. Il s’agit d’une grande église épiscopale de la deuxième période byzantine qui fut transformée en siège d’un diocèse latin sous l’archevêque latin de Khandaka après l’installation des Vénitiens en Crète. Après le traité d’Alexios Kallergis avec les Vénitiens, en 1299, la zone où se trouvait le village fut louée à Alexios. Durant cette période, à l’emplacement d’une basilique mi-byzantine à trois nefs, probablement détruite par un très fort tremblement de terre en 1303, fut construite une nouvelle église de type cruciforme inscrit avec une coupole reposant sur quatre piliers. Les murs nord et sud-ouest de la basilique médio-byzantine ont été incorporés à la nouvelle église, tandis que les fondations d’une basilique paléochrétienne peuvent être vues à l’extérieur de son arc, ce qui prouve qu’il y avait une basilique paléochrétienne au même endroit, dont des parties de la décoration sculptée sont également conservées. Sur la face est de l’église est conservée une impressionnante décoration sculpturale de style occidental, tandis que sur le mur nord, le linteau d’une porte rectangulaire est orné d’armoiries en relief de l’évêque latin Jacobo Sorreto, datées de 1568. L’église contient des fresques du début du XIVe siècle qui, malgré leurs nombreuses destructions, témoignent d’un excellent peintre. De la décoration de la fresque, on distingue la représentation de la Vierge Platytère entourée d’anges par paires, la Préparation du Trône, les Apôtres de la Pentecôte et de l’Ascension.