Agios Ioannis est situé entre les colonies de Kalyvos et d’Agios Mamas à une altitude de 430 m et à 40 km de Réthymnon. Il s’agit d’un établissement traditionnel désigné. Son nom vient probablement de l’église homonyme d’Agios Ioannis Chrysostomos. Son histoire commence à l’époque byzantine. Dans la partie centrale du village, la grange d’un grand propriétaire terrien de la plus grande superficie est conservée. Une inscription ottomane est conservée au-dessus de sa porte extérieure, où sont inscrits le propriétaire et propriétaire, Mustafa Agas, et la date du 29 août 1792. Il s’agit d’un grand complexe immobilier qui comprend la résidence et de nombreux espaces auxiliaires.
Trois églises sont conservées dans le village. L’église centrale du village est dédiée à Agios Ioannis Chrysostomos dont l’iconostase porte la date de 1863. Dans le cimetière du village se trouve l’église d’Agios Georgios dont l’iconostase selon une inscription a été achevée en 1865. À l’extrémité nord-est de la colonie se trouve une église byzantine dédiée à la Dormition de la Vierge. L’intérieur est décoré de fresques datant d’environ 1300. Dans la niche du sanctuaire, une inscription fragmentaire est conservée, où le nom de l’église, Panagia i Phaneromeni, de l’empereur sous le règne duquel l’église fut construite, Angelos Comnenos Andronikos Palaiologos, le nom de famille Kaliergis, qui fait référence à la célèbre famille de Kallergos, et le nom de Theodoros Daniel, le peintre qui a peint le temple.
