Die Siedlung Melidoni liegt am Fuße des Kouloukona auf einer Höhe von 100 m. Es ist 28 km von Rethymnon entfernt.
Der Name Melidoni stammt wahrscheinlich vom byzantinischen Nachnamen Melidonis ab, der noch heute im Dorf und in anderen Teilen Kretas existiert. Laut notarieller Urkunden und Besitzurkunden lebten in der Mitte des 16. Jahrhunderts 195 Familien in Melidoni. Die Lebensbedingungen waren schwierig, da die Häuser der Siedlung über wenige Räume verfügten und neben Wohnraum auch als Lager für landwirtschaftliche Produkte sowie als Unterbringung von Haustieren und Vögeln dienten. In denselben Quellen heißt es, dass die Region Öl, Wein, Johannisbrot und Getreide produzierte und das Haupteinkommen aus der Weizenproduktion stammte.
Im Jahr 1583 wurden bei der systematischen Volkszählung Kretas durch Petros Kastrophylakas 645 Einwohner in Melidoni registriert. In der osmanischen Volkszählung von 1671 wird vermerkt, dass 106 haratsias (Kopfsteuer) Melidoni entsprachen. In der Volkszählung von 1881 wird Melidoni als Sitz der gleichnamigen Gemeinde erwähnt, in der 464 Christen und ein Muslim lebten. In der kretischen Topographie von 1903 wird erwähnt, dass die Bevölkerung von Melidonio 607 Einwohner betrug. In derselben Quelle werden auch Daten zu den Kulturpflanzen angegeben, bei denen es sich um Getreide, Oliven, Weinreben und Johannisbrot handelt.
Melidoni war eines der größten Dörfer von Mylopotamos. Dort hatte der Bischof von Avlopotamos Parthenios (1777-1820), ein Kenner der Astronomie und ein großer Maler, seinen Sitz.
In Melidoni befindet sich auch eines der wichtigsten Denkmäler in Mylopotamos, die Gerontospelios oder Höhle von Melidoni.
