Die Siedlung Margarites liegt am nördlichen Fuß des Psiloritis auf einer Höhe von 300 m. Es ist 27 km von Rethymnon entfernt.
In den venezianischen Volkszählungen und in Dokumenten aus dieser Zeit wird es als „Magarites“ erwähnt, was auch der ursprüngliche Name des Dorfes ist. Magarites wird auch während der gesamten türkischen Besatzungszeit erwähnt. Nach Ansicht einiger Gelehrter hängt der eigentliche Name mit dem byzantinischen Wort magarikon zusammen, da Tongefäße während der byzantinischen Zeit magarikon genannt wurden.
Es gilt als das größte Töpferzentrum Westkretas und als eines der wichtigsten Keramikzentren Griechenlands. Der Hauptgrund liegt in der hervorragenden Qualität und den großen Reserven an Rohstoffen, die nichts anderes als der Lehmboden sind. Der erste Hinweis auf die Beschäftigung des Margaritsana-Volkes mit Töpferwaren stammt von dem amerikanischen Reisenden Richard Pococke, der 1739 nach Zentral- und Westkreta reiste.
Das Dorf ist jedoch auch von historischem Interesse. Dies ist ein Gebiet, das seit Beginn der venezianischen Besetzung über Jahrhunderte hinweg kulturell blühte, was auch an der Architektur der Siedlung zu erkennen ist. Während der venezianischen Zeit gab es viele große Residenzen venezianischer Adliger mit aufwändiger Architektur, wie zum Beispiel das Haus der bedeutenden venezianischen Familie Dandolo, mit dem eine Inschrift verbunden ist, in der sich die Buchstaben Z D befinden, und die benachbarte Kirche, die dem heiligen Cerium gewidmet war.
In Margarites sind viele byzantinische Kirchen erhalten. Die Kirche von Ag. Johannes der Theologe, 1383, die Kirche von Ag. George, der auf den Anfang des 14. Jahrhunderts zurückgeht. Johannes der Vorläufer zu Beginn des 15. Jahrhunderts. Alle drei Tempel haben Wandmalereien. Der örtlichen Überlieferung zufolge reisten die im Dorf lebenden Adligen Kallergis und Varouchas nach dem Bau der Kirche des Heiligen Johannes des Theologen nach Konstantinopel und brachten eine gewebte Tür für das schöne Tor der Kirche. Auf diese Tür wurden cremefarbene Gänseblümchen und Lilien gestickt. Nach dem Vorbild der Tür webten die Weber des Dorfes die berühmten, begehrten Margaritsiana-Textilien. Das gewebte Gänseblümchenmuster hat jedoch nichts mit dem Namen des Dorfes zu tun, da der Name ihm zeitlich vorausgeht. Eine separate Kirche ist Panagia Perdikiotissa. Der örtlichen Überlieferung zufolge befand sich an der Stelle der heutigen Kirche ein Schilfrohr. Als die Anwohner ihn verbrennen wollten, um einen Durchgang zu öffnen, hörten sie im Dickicht ein Rebhuhn krächzen. Sie suchten nach dem Nest und fanden eine Ikone der Jungfrau Maria. Deshalb bauten sie dort eine Kirche namens „Panagia i Perdikiotissa“.
