Die Kirche des Heiligen Johannes des Theologen in Margarites befindet sich auf der Südwestseite der Siedlung. Es handelt sich um ein einräumiges, gewölbtes Gebäude. Ursprünglich war der Tempel größer oder mit einem Gebäude verbunden, wie die architektonischen Überreste der ihn umgebenden Anbauten belegen, von denen Reste eines Torbogens erhalten geblieben sind. Im Inneren des Tempels ist jede längliche Seite mit drei Blindbögen verziert. Das Heiligtum ist durch eine beeindruckende Steinikonostase vom Hauptteil des Tempels getrennt. Der Haupteingang des Tempels hat eine geschnitzte Tür aus Porolit. Das Bildprogramm umfasst das Trauerporträt des 1383 verstorbenen Priesters Georg Klados, Szenen aus dem Leben des Heiligen Johannes des Theologen und verschiedener Heiliger, unter denen die Heilige Mutter hervorsticht, die jung, bartlos, mit einem Kranz und einem Lamm in der Hand dargestellt ist. Diese Darstellung ist besonders häufig in Viehzuchtgebieten wie dem Bezirk Mylopotamos zu finden, wo der Heilige der Schutzpatron der Herden ist. Er selbst war zunächst Hirte und wurde dann Offizier.