Die Kirche des Heiligen Johannes des Täufers in Margarites befindet sich im Zentrum der Siedlung. Er gehört zum architektonischen Typus des Einraum-Gewölbetempels. Nur wenige seiner Fresken sind erhalten und wurden bei Konservierungsarbeiten unter dem Kalk freigelegt. Von besonderem Interesse sind die Freskenfragmente, die von der Existenz eines Lebenszyklus des Heiligen Johannes und seiner Wiederkunft zeugen. Die Plastizität der Gesichter und der Farbwechsel verorten die malerische Ausstattung der Kirche am Anfang des 15. Jahrhunderts.