Die Siedlung Episkopi liegt auf einer Höhe von 270 m und ist 35,5 km entfernt. aus Rethymnon. Seit Beginn der 2. byzantinischen Periode war es Sitz des Episkopats von Avlopotamos. Die heute zerstörte Kirche von Agios Ioannis, bekannt als Fragoklisia, wurde auf den Ruinen einer frühchristlichen Basilika errichtet, wie die wiederverwendeten geschnitzten Elemente der ersten Kirche belegen. Es handelt sich um einen großen kreuzförmigen Tempel mit Inschrift. Es war zunächst die Kathedrale und Sitz der byzantinischen Diözese Avlopotamos und später der lateinischen Diözese. Im Heiligtum sind Teile von Fresken aus dem 14. Jahrhundert erhalten. Der Tempel hat viele Umbauten und Renovierungen erfahren und es lassen sich mehrere Bauphasen unterscheiden. In einem von ihnen befand sich am südlichen Eingang ein Sockel mit einer großen eingravierten Inschrift mit dem Datum MDLXVIII (d. h. 1568) und einem Reliefschild, das mit dem lateinischen Bischof Iakovos Sorreto in Verbindung gebracht wird. Südlich der Kirche wurde der Bischofspalast errichtet, in dem der Bischof lebte.
Während der Zeit der türkischen Besatzung (1669-1878) wurde der gesamte Komplex mehrfach umgebaut. Neben der St.-Johannes-Kirche gibt es auch die St.-Georgs-Kirche aus venezianischer Zeit, die St.-Antonius-Kirche und die Höhlenkirche St. Theodora.
Die Siedlung ist nahezu unverändert erhalten und bewahrt wichtige Gebäude aus der Zeit der venezianischen Herrschaft auf Kreta. Aus diesem Grund wurde es als geschütztes Denkmal ausgewiesen. Viele Gebäude der Siedlung zeugen davon, wie sich Elemente der venezianischen Architektur entwickelten und in die populäre kretische Architektur integriert wurden.
