Nach der Rückeroberung Kretas durch die Byzantiner im Jahr 961 wurde die alte Diözese Eleftherni in Avlopotamos oder Mylopotamos umbenannt und hatte ihren Sitz im heutigen Dorf Episkopi in der Gemeinde Mylopotamos, woher auch der Name der Siedlung stammt.
Die Bischofskirche Agios Ioannis in der Diözese Mylopotamos
Die Kirche Agios Ioannis in der Diözese Mylopotamos, bekannt als Fragoklissia, befindet sich im Zentrum der Siedlung. Es handelt sich um eine große Bischofskirche aus der zweiten byzantinischen Zeit, die nach der Ansiedlung der Venezianer auf Kreta unter dem lateinischen Erzbischof von Khandaka zum Sitz einer lateinischen Diözese umgewandelt wurde. Nach dem Vertrag von Alexios Kallergis mit den Venezianern im Jahr 1299 wurde das Gebiet, in dem sich das Dorf befand, an Alexios verpachtet. In dieser Zeit wurde an der Stelle einer mittelbyzantinischen dreischiffigen Basilika, die vermutlich 1303 durch ein sehr starkes Erdbeben zerstört wurde, eine neue Kirche in Form eines beschrifteten Kreuzes mit einer auf vier Säulen ruhenden Kuppel errichtet. Die Nord- und Südwestwände der mittelbyzantinischen Basilika wurden in die neue Kirche integriert, während außerhalb ihres Bogens die Fundamente einer frühchristlichen Basilika zu sehen sind, die belegen, dass es an derselben Stelle eine frühchristliche Basilika gab, von der auch Teile der Skulpturendekoration erhalten sind. An der Ostseite der Kirche ist eine beeindruckende skulpturale Dekoration im westlichen Stil erhalten, während an der Nordwand der Sturz eines rechteckigen Portals mit einem Reliefwappen des lateinischen Bischofs Jacobo Sorreto aus dem Jahr 1568 verziert ist. Die Kirche enthält Fresken aus dem Anfang des 14. Jahrhunderts, die trotz ihrer umfangreichen Zerstörung von einem hervorragenden Maler zeugen. Von der Freskendekoration sind eine Darstellung der Jungfrau Platytera, umgeben von Engelpaaren, der Vorbereitung des Throns, der Apostel von Pfingsten und der Himmelfahrt zu unterscheiden.