Agios Ioannis liegt zwischen den Siedlungen Kalyvos und Agios Mamas auf einer Höhe von 430 m und ist 40 km von Rethymnon entfernt. Es handelt sich um eine ausgewiesene traditionelle Siedlung. Der Name stammt wahrscheinlich von der gleichnamigen Kirche Agios Ioannis Chrysostomos. Seine Geschichte beginnt in der byzantinischen Zeit. Im zentralen Teil des Dorfes ist die Scheune eines Großgrundbesitzers der weiteren Umgebung erhalten. Über seiner Außentür ist eine osmanische Inschrift erhalten, auf der der Besitzer und Eigentümer, Mustafa Agas, und das Datum 29. August 1792 stehen. Es handelt sich um einen großen Gebäudekomplex, der das Wohnhaus und viele Nebenräume umfasst.
Im Dorf sind drei Kirchen erhalten. Die zentrale Kirche des Dorfes ist Agios Ioannis Chrysostomos gewidmet, dessen Ikonostase das Datum 1863 trägt. Auf dem Dorffriedhof befindet sich die Kirche Agios Georgios, deren Ikonostase einer Inschrift zufolge 1865 fertiggestellt wurde. Am nordöstlichen Ende der Siedlung befindet sich eine byzantinische Kirche, die der Entschlafung der Jungfrau geweiht ist. Der Innenraum ist mit Fresken aus der Zeit um 1300 geschmückt. In der Nische des Heiligtums ist eine fragmentarische Inschrift erhalten, die den Namen der Kirche, Panagia i Phaneromeni, des Kaisers, unter dessen Herrschaft die Kirche erbaut wurde, Angelos Komnenos Andronikos Palaiologos, den Nachnamen Kaliergis, der sich auf die bekannte Familie Kallergos bezieht, und den Namen Theodoros Daniel, des Malers, der den Tempel bemalte, enthält.
