Μνημεία
Ο Δήμος Μυλοποτάμου κατοικείται από την Νεολιθική Εποχή συνεχώς μέχρι σήμερα. Έχει να επιδείξει πολυάριθμους αρχαιολογικούς χώρους και μνημεία.
Νεολιθική Περίοδος
Τα αρχαιότερα ίχνη ανθρώπινης παρουσίας στο Μυλοπόταμο εντοπίζονται σε σπήλαια που κατοικήθηκαν και χρησιμοποιήθηκαν ήδη από τη Νεολιθική εποχή (4500 – 3100 π.Χ.), όπως στο σπήλαιο του Μελιδονίου και στο σπήλαιο Σεντόνι των Ζωνιανών. Επίσης μαρτυρίες πολύ πρώιμης κατοίκησης σε οικισμούς προέρχονται από το λόφο των Γριβίλων (ή Γριόβιγλας ή Αγίου Φανουρίου) βόρεια του Περάματος στην Τ.Κ. Μελιδονίου και από το Πάνορμο, στο λόφο του Αγ. Γεωργίου.
Μινωική Περίοδος
Κατά την Μινωική Περίοδο (3100 – 1070 π.Χ.) ιδρύονται οργανωμένοι οικισμοί τόσο σε πεδινές εκτάσεις ή σε υψώματα όσο και στα παράλια. Οι οικισμοί αυτοί ανέπτυξαν καθένας τον ιδιαίτερο χαρακτήρα του, γεωργοκτηνοτροφικό στην ενδοχώρα, εμπορικό-βιοτεχνικό στα παράλια.
Παράκτιοι Μινωικοί Οικισμοί
Από τον Πάνορμο προς τα ανατολικά, κατά μήκος της βόρειας ακτογραμμής, σε φυσικούς κολπίσκους η αρχαιολογική έρευνα έχει αποκαλύψει τέσσερις μινωικούς οικισμούς: την Παναγιά του Χάρακα, την Κατεβατή, το Καλό Χωράφι και τους Πέρα Γαλήνους. Οι οικιστικές εγκαταστάσεις που ιδρύθηκαν σε αυτούς τους όρμους ανέπτυξαν ένα εμπορικό – βιοτεχνικό χαρακτήρα και πιθανότατα σχετίζονται με λιμενικούς σταθμούς ή με εργαστηριακές εγκαταστάσεις που συνδέονται με τα μεταλλοφόρα εδάφη της περιοχής. Η καταστροφή και η εγκατάλειψη τους οφείλεται σε έντονη σεισμική δραστηριότητα.
Προϊστορικές Οχυρές θέσεις - Θέση Σίδερος
Προς το τέλος της μινωικής εποχής, κατά την ΥΜ ΙΙΙΒ – ΥΜ ΙΙΙΓ περίοδο (1300 – 1070 π.Χ.), εποχή που χαρακτηρίζεται από πολιτικές και κοινωνικές αναταραχές καταγράφεται ανθρώπινη παρουσία σε οχυρές και δυσπρόσιτες θέσεις, όπως στην κορυφή Σίδερος στο Μπαλί.
Προϊστορικά Ταφικά Μνημεία
Στην περιοχή του Μυλοποτάμου υπάρχουν ταφικά μνημεία που χρονολογούνται στο 14ο και στις αρχές του 13ου αι. π.Χ. σε μια εποχή που ο μινωικός πολιτισμός είχε δεχτεί σοβαρές επιδράσεις από τον μυκηναϊκό. Πρόκειται για το θολωτό τάφο των Μαργαριτών, τούς θαλαμοειδείς τάφους στα Αγγελιανά, στον Κοφινά Μελιδονίου, στο Χουμέρι και στο Καλαμά.
Ιστορικοί Χρόνοι
Από την Ύστερο-Γεωμετρική περίοδο (745 – 710 π.Χ.), οι κρητικές πόλεις ακολουθώντας το παράδειγμα του ελλαδικού κόσμου αρχίζουν να οργανώνονται σε πόλεις -κράτη. Μια από τις σημαντικότερες πόλεις της αρχαίας Κρήτης είναι η πόλη Όαξος ή Αξός στο δήμο Μυλοποτάμου.
Ρωμαϊκές εγκαταστάσεις
Αρχιτεκτονικά λείψανα της ρωμαϊκής περιόδου έχουν εντοπιστεί και στα Πλευριανά Μαργαριτών, στην Αλφά, στα Απλαδιανά και στο Χουμέρι. Το σημερινό ακρωτήριο Πυροβολόπετρα ταυτίζεται με την αρχαία Αστάλη, που άκμασε κυρίως τη ρωμαϊκή περίοδο.
Πρωτοχριστιανική Περίοδος στην Κρήτη (33-330)
Ο Χριστιανισμός ως νέα θρησκεία κατέκτησε αρκετά γρήγορα σημαντικό τμήμα του νησιού παρά την ισχυρή παράδοση της ειδωλολατρικής του θρησκείας. Η πρώτη προσηλυτιστική διδασκαλία του χριστιανισμού στην Κρήτη συνδέεται με τον απόστολο Παύλο και κυρίως με το μαθητή, συνοδό και στενό συνεργάτη του Τίτο ο οποίος υπήρξε ο πρώτος Επίσκοπος της Εκκλησίας της Κρήτης.
Πρώτη Βυζαντινή Περίοδος (324-827)
Με τη παύση των διωγμών και την θέσπιση της ανεξιθρησκείας, το 313 (Διάταγμα των Μεδιολάνων), επί εποχής Μέγα Κωσταντίνου, ο Χριστιανισμός αναγνωρίζεται ως ελεύθερη θρησκεία και ανοίγει μια νέα εποχή για τη Χριστιανική Εκκλησία, η οποία έχει το δικαίωμα να έχει περιουσιακά στοιχεία και να ανεγείρει ναούς. Από τον 4ο και κυρίως τον 5ο και 6ο αιώνα, ανεγέρθηκε μεγάλος αριθμός χριστιανικών ναών στην Κρήτη. Ένδειξη πρώιμης διάδοσης του χριστιανισμού στην περιοχή του Μυλοποτάμου αποτελούν οι βασιλικές που σώζονται στην περιοχή.
Οι Άγιοι της πρώτης Βυζαντινής περιόδου της Κρήτης:
Στα μέσα του 3ου αιώνα και κατά το διωγμό του αυτοκράτορα Δεκίου (249 – 250) μαρτύρησαν οι Άγιοι Δέκα στη Γόρτυνα. Ανάμεσα τους ήταν ο Αγαθόπους που καταγόταν από το Πάνορμο Μυλοποτάμου, στοιχείο που δείχνει ότι στην περιοχή του Μυλοποτάμου είχε ήδη διαδοθεί ο Χριστιανισμός.
Δεύτερη Βυζαντινή Περίοδος (961-1204)
Μεσαιωνικά Χρόνια (13ος - 15ος αι.)
Το 1204 η Κρήτη παραχωρήθηκε στους Ενετούς οι οποίοι εγκαθίστανται στο νησί σταδιακά. Για τη γεωγραφική και κατά επέκταση τη διοικητική διαίρεση της Κρήτης, οι Ενετοί στηρίχτηκαν στις βυζαντινές τούρμες (τούρμα: η αμέσως μετά το θέμα διοικητική περιφέρεια), καθεμία από τις οποίες διέθετε το κάστρο της. Μια από αυτές ήταν και η τούρμα Μυλοποτάμου με το ομώνυμο κάστρο της στο σημερινό οικισμό του Πανόρμου. Ο Μυλοπόταμος αποικίστηκε κατά το δεύτερο ενετικό αποικισμό του 1222.
