Ένα από τα σπουδαιότερα επισκέψιμα μνημεία του Μυλοποτάμου είναι ο Γεροντόσπηλιος ή Σπήλαιο του Μελιδονίου. Πρόκειται για σημαντικό αρχαιολογικό χώρο, αξιοποιημένο και επισκέψιμο. Το Σπήλαιο του Μελιδονίου βρίσκεται στο νότιο τμήμα του όρους Κουλούκωνα, σε περιοχή ιδιαίτερου φυσικού κάλλους. Συγκεκριμένα, βρίσκεται περίπου 1.800μ, ΒΔ του ομώνυμου χωριού, σε υψόμετρο 220μ από τη θάλασσα. Καταλαμβάνει έκταση 3000 τ.μ. Το βαθύτερο σημείο, από το επίπεδο της εισόδου είναι 53μ. Εξερευνήθηκε και χαρτογραφήθηκε το 1964 από την Ε.Σ.Ε. (Ελληνική Σπηλαιολογική Εταιρεία) υπό την διεύθυνση της Άννας Πετροχείλου και του Ελευθέριου Πλατάκη. Στις αρχές του 20ού αιώνα πραγματοποιήθηκε ολιγοήμερη έρευνα στην είσοδο του σπηλαίου από την Ιταλική Αρχαιολογική Αποστολή, χωρίς ωστόσο να υπάρξει συνέχεια. Η ανασκαφική έρευνα στο σπήλαιο άρχισε το 1987 ενόψει της τουριστικής αξιοποίησής του από την Αρχαιολογική Υπηρεσία. Οι ανασκαφές που συνεχίστηκαν με διακοπές ως το 2008 έφεραν στο φως σημαντικά ευρήματα. Το σπήλαιο ήταν γνωστό ήδη από τον 15ο αιώνα εξαιτίας επιγραφής προς τιμήν του Ερμή, που είχε εντοπιστεί από τον Κυριακό της Αγκώνας στα τοιχώματα της εισόδου, εξ ου και το είχαν επισκεφθεί πολυάριθμοι περιηγητές. Στο σπήλαιο, εντοπίστηκαν δύο επιγραφές, μεταξύ άλλων, που χρονολογούνται από το τέλος της Ελληνιστικής Εποχής έως τη Ρωμαϊκή περίοδο, στων οποίων τα κείμενα αναφέρεται ο Ερμής. Η ανασκαφική έρευνα απέδειξε ότι το σπήλαιο είχε χρησιμοποιηθεί ως χώρος περιστασιακής, πιθανόν, κατοίκησης τουλάχιστον στην Τελική Νεολιθική και πρώιμη Εποχή του Χαλκού. Από την περίοδο των πρώτων ανακτόρων του Μινωικού Πολιτισμού (1900 – 1700 π.Χ.), ο βόρειος μυχός της πρώτης αίθουσάς του (Αίθουσα Ηρώων) επιλέχθηκε για τη λατρεία της μινωικής θεάς, εξαιτίας της υδατοσυλλογής και του κεντρικού σταλαγμίτη-βαιτύλου που υπάρχουν εκεί. Η λατρεία στο χώρο αυτό διατηρήθηκε αδιάλειπτη μέχρι το 500 π.Χ. Το σπήλαιο ανοίγεται στο ανατολικό τμήμα δολίνης που δημιουργήθηκε από την κατάρρευση τμήματός του. Διακρίνεται από αψιδωτή είσοδο, πλάτους 3.2μ. και ύψους 2.5μ, με θέα τον Ψηλορείτη. Επισκέψιμη είναι η πρώτη αίθουσα, μία από τις μεγαλύτερες της Κρήτης με σταλακτίτες και σταλαγμίτες τεραστίων διαστάσεων. Η πρώτη αίθουσα του εντυπωσιακού σπηλαίου ονομάζεται «Αίθουσα Ηρώων», λόγω του υπάρχοντος μνημείου εντός αυτής. Η αίθουσα έχει διαστάσεις 44 Χ 55μ και ύψος 10 – 25μ περίπου και πρόκειται για ένα συγκρότημα με τεράστιους σταλακτίτες και στύλους. Ο διάκοσμος αυτός του σπηλαίου είναι δημιούργημα της σταδιακής εναπόθεσης του ανθρακικού ασβεστίου (ασβεστίτης) κατά τη διάρκεια σταγονορροής στο εσωτερικό του σπηλαίου. Οι σταλακτίτες δημιουργούνται στην οροφή ενώ οι σταλαγμίτες στο έδαφος. Η ένωση του σταλακτίτη με τον σταλαγμίτη δημιουργεί το στύλο ή τη κολώνα. Από το σημείο αυτό το σπήλαιο χωρίζεται σε δυο πλοκάμους. Έναν στα αριστερά, κατεύθυνσης Β/ΒΔ και έναν άλλο στα δεξιά, κατεύθυνσης προς Α. Ο αριστερός πλόκαμος καταλήγει στο κλιμακωτό βάραθρο «Ι. Πετρόχειλος», βάθους 23μ, με παραπετασματοειδείς σταλακτίτες που φθάνουν μέχρι τον πυθμένα του ενώ ο δεξιός πλόκαμος καταλήγει στον θάλαμο «Α. Πετροχείλου». Τα ονόματα δόθηκαν προς τιμή των σπηλαιολόγων Ιωάννη και Άννας Πετροχείλου, θεμελιωτών της Σπηλαιολογίας στην Ελλάδα. Στην αρχή του δεξιού πλοκάμου, στα βόρεια, διαμορφώνεται μυχός, διαστάσεων 11 Χ 5.5μ, με υδατοσυλλογή και κεντρικό σταλαγμίτη-βαίτυλο, ο οποίος μέσω μιας μικρής εισόδου οδηγεί με απότομη κατάβαση 7.5μ στον επόμενο θάλαμο, την αίθουσα «Pashley». Η δεύτερη αίθουσα, είναι η «αίθουσα Pashley», προς τιμή του περιηγητή Robert Pashley που επισκέφθηκε το σπήλαιο δύο φορές τον 19ο αι. και αφηγήθηκε συγκλονιστικά την ιστορία της εκατόμβης του 1824. Η αίθουσα χαρακτηρίζεται από επιβλητικά και τεράστια συμπλέγματα σταλαγμιτών και στύλων. Διαμορφώνεται σε δύο ανισόπεδα επίπεδα και σε εξώστη που πλαισιώνεται από στύλους και σταλαγμίτες. Μέσω ενός στενού και επίπεδου διαδρόμου φθάνουμε σε έναν αρκετά επικλινή και μικρό θάλαμο. Ο διάδρομος και ο μικρός θάλαμος ονομάζεται «Αίθουσα των Επιγραφών», λόγω των χαραγμάτων στα τοιχώματα του διαδρόμου και του νότιου τοίχου του θαλάμου που χρονολογούνται από το τέλος της Ελληνιστικής Εποχής (περ. 100 π.Χ.) έως και τον 20ό αι. Με ανάβαση 5μ από την «αίθουσα των Επιγραφών» οδηγούμαστε στον τελευταίο θάλαμο του σπηλαίου, τον θάλαμο «Α. Πετροχείλου», διαστάσεων 7 Χ 11μ. Φέρει πλούσιο διάκοσμο από σταλακτίτες, σταλαγμίτες και ένα στύλο που τον χωρίζει σε δύο τμήματα. Το σπήλαιο παρουσιάζει και ιδιαίτερο ιστορικό ενδιαφέρον την περίοδο της Τουρκοκρατίας. Στις αρχές Οκτώβρη του 1823, στρατοπεδεύει στο Μελιδόνι ο Τουρκοαιγυπτιακός στρατός με νέο αρχηγό τον Χουσεΐν Μπέη. Οι Μελιδονιώτες, 340 γυναικόπαιδα και 30 μαχητές, βρήκαν καταφύγιο στο εσωτερικό του σπηλαίου, αρνούμενοι να παραδοθούν. Τα ιστορικά γεγονότα αναφέρουν ότι ο Χουσεΐν Μπέης όταν πληροφορήθηκε για τη κρυψώνα, κύκλωσε το σπήλαιο, με το στρατό του και ζήτησε στους κρητικούς να παραδοθούν. Η απάντηση ήταν «Θάνατος, όχι υποταγή». Ο αποκλεισμός διήρκεσε τρεις μήνες, με συνεχείς εφόδους, επιθέσεις, χωρίς αποτέλεσμα. Μετά από μία τρίμηνη πολιορκία, τον Γενάρη του 1824, ο στρατός έφραξε την είσοδο του σπηλαίου, χρησιμοποίησε εύφλεκτες ύλες και έβαλε φωτιά. Γυναικόπαιδα και μαχητές θανατώθηκαν με ασφυξία. Στην «Αίθουσα Ηρώων» του σπηλαίου διατηρείται λίθινο οστεοφυλάκιο, με τα λείψανα των ηρώων. Στην είσοδο του Γεροντόσπηλιου έχει χτιστεί και το παρεκκλήσι της Ευαγγελίστριας. Η θέση του σπηλαίου εξασφαλίζει πανοραμική θέα τόσο προς τη βόρεια πλευρά του Ψηλορείτη όσο και προς την οροσειρά των Λευκών Ορέων. Σήμερα, το σπήλαιο παίζει σημαντικό ρόλο στη ζωή του χωριού, αποτελώντας πόλο έλξης πολλών επισκεπτών, λόγω της ιστορίας αλλά και του σπηλαιολογικού του ενδιαφέροντος. Σε ετήσια βάση πραγματοποιείται μνημόσυνο για το ολοκαύτωμα του 1824.