Ένα από τα ωραιότερα και μεγαλύτερα σπήλαια της Ελλάδας είναι το σπήλαιο των Ζωνιανών. Η ονομασία του σπηλαίου είναι Σεντόνη ή Σφενδόνη ή «του Σφεντόνη η τρύπα». Πρόκειται για αρχαιολογικό χώρο. Το σπήλαιο Σεντόνη βρίσκεται στην ανατολική πλαγιά του λόφου Χαλέπα και στη θέση Σκαφίδια, κοντά στην ομώνυμη πηγή, σε απόσταση 500μ, ΒΑ των Ζωνιανών και σε υψόμετρο 630μ. Επίσης βρίσκεται πολύ κοντά στους αρχαιολογικούς χώρους του Ιδαίου Άντρου, της Ζωμίνθου και της Αξού. Εξερευνήθηκε και χαρτογραφήθηκε το 1963 από την Ε.Σ.Ε. (Ελληνική Σπηλαιολογική Εταιρεία) υπό την διεύθυνση της Άννας Πετροχείλου.
Το 1987 πραγματοποιήθηκε από την ΚΕ΄Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, σωστική ανασκαφική έρευνα στον προθάλαμο και στους δυο πρώτους θαλάμους του σπηλαίου. Τα ευρήματα που ήρθαν στο φως αποδεικνύουν σποραδική ανθρώπινη εγκατάσταση κατά την Τελική Νεολιθική και την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού (Πρωτομινωική Ι – ΙΙΑ περίοδο, 3500 – 2300 π.Χ.) καθώς και ανθρώπινη παρουσία στην Ύστερη Ρωμαϊκή περίοδο όπως αποδεικνύει νόμισμα του 4ου αι. μ.Χ.
Η μελέτη του ζωοαρχαιολογικού υλικού των Προϊστορικών χρόνων υπέδειξε εκτροφή κυρίως αιγοπροβάτων, βοοειδών, καθώς και άγριων θηλαστικών ελαφιών και ζαρκαδιού. Κατακόρυφες πλαγιές ύψους μέχρι και 50μ ορθώνονται στα ΒΔ του σπηλαίου. Μέσα στις σχισμές των βράχων φυτρώνουν θυμάρια, αστοιβίδες, ρίγανες και άλλα χαρακτηριστικά φυτά της Κρητικής χλωρίδας.
Η είσοδος στο σπήλαιο γίνεται μέσω στομίου διαστάσεων πλάτους 1μ και ύψους 1.5μ. Πρόκειται για ένα αρκετά μεγάλο σπήλαιο, με πολλούς θαλάμους. Το μέγιστο μήκος σε ευθεία γραμμή είναι 145μ. Καταλαμβάνει έκταση περίπου 3.000 τ.μ. Οι θάλαμοί του χαρακτηρίζονται από πλούσιο και εντυπωσιακό διάκοσμο όπως τεράστιες κολόνες που σχηματίζουν τοίχους και δαιδαλώδη περάσματα, θαυμάσια συμπλέγματα από επιβλητικά συγκροτήματα στύλων και σταλαγμιτών, λιθωματικές λεκάνες νερού με «μαργαριτάρια σπηλαίων». Τα «μαργαριτάρια των σπηλαίων» είναι ασβεστολιθικές συνενώσεις που αναπτύσσονται σε ρηχές σπηλαιολίμνες. Συνήθως είναι σφαιρικά και πολύ συχνά περιέχουν πυρήνα από κάποιο ξένο σώμα όπως κόκκο άμμου. Οι αίθουσες του σπηλαίου έχουν πολύχρωμο σταλακτικό και σταλαγμιτικό διάκοσμο. Χαρακτηριστική είναι η λάμψη των μικροσκοπικών κρυστάλλων από ανθρακικό ασβέστιο σε πολλά από τα πετρώματά του σπηλαίου.
Στο σπήλαιο ζουν σήμερα τέσσερα είδη νυχτερίδων και δεκάδες ασπόνδυλων οργανισμών, ενδημικών του νησιού και απόλυτα προσαρμοσμένων στο σκοτάδι.
Τα πιο σημαντικά από αυτά είναι τα ισόποδα, οι ψευδοσκορπιοί, τα διπλόποδα, τα δίπλουρα και τα σαλιγκάρια. Μεταξύ αυτών είναι και το μικροσκοπικό τρωγλόβιο ισόποδο Graeconiscus Guanophilus, που ζει μόνο στο συγκεκριμένο σπήλαιο. Το σπήλαιο είναι από παλιά γνωστό στους κατοίκους της περιοχής. Σε δύσκολους καιρούς αποτέλεσε καταφύγιο για κατατρεγμένους και επαναστάτες. Κατά την παράδοση το όνομα του σπηλαίου προήλθε από κάποιον σφακιανό χαΐνη (αντάρτη) Σφεντόνη, ο οποίος είχε καταφύγει στο σπήλαιο και αναγκάστηκε να σκοτώσει έναν νεαρό που του ζήτησε φαγητό, προκειμένου να διαφυλάξει την κρυψώνα του. Σήμερα το σπήλαιο είναι αξιοποιημένο και επισκέψιμο κατά τα 2/3 του, ενώ το ειδικό μονοπάτι περιήγησης επιτρέπει την ασφαλή επίσκεψη στο σπήλαιο σε άτομα με ειδικές ανάγκες.
