Ο ιερός Ναός της Παναγίας Απανωκαστριανής βρίσκεται ακριβώς πάνω από το οικισμό Καστρί στον λόφο Απάνω Καστρί. Ο ναός είναι χτισμένος στον τύπο του δίκλιτου ασύμμετρου πάνω στα θεμέλια παλαιότερου. Το σωζόμενο κτίριο έχει υποστεί επεμβάσεις κυρίως στην όψη και ενίσχυση του βόρειου τοίχου. Επεμβάσεις έχουν υποστεί και οι δύο είσοδοι, όμως διατηρούν τα οξυκόρυφα ανακουφιστικά τόξα. Το κτίριο αποτελείται από ένα κύριο και ένα δευτερεύον κλίτος. Το κύριο κλίτος στεγάζεται με οξυκόρυφη καμάρα, ενώ το δευτερεύον από μισή καμάρα. Η αψίδα του ιερού είναι διακοσμημένη με τοξύλια (μικρά τόξα τοποθετημένα σε συνεχή σχηματισμό, κάτω από οριζόντιο γείσο) και τρία οικόσημα της οικογένειας Καλλέργη. Λείψανα τοιχογραφιών του χρονολογούνται το πρώτο μισό του 14ο αιώνα.
Ο ναός εντάσσεται στους δίκλιτους ασύμετρους θολοσκέπαστους ναούς που εμφανίζονται για πρώτη φορά στην Κρήτη κατά τη διάρκεια του 14ου αιώνα. Ο τύπος του δίκλιτου ναού απαντά κυρίως στην περιοχή του ορεινού Μυλοποτάμου, περιοχή δράσης της οικογένειας Καλλέργη
