Ο Ναός των 318 θεοφόρων Πατέρων βρίσκεται στη θέση «Καλό Χωράφι» και είναι αφιερωμένος στο όνομα των 318 Θεοφόρων Πατέρων της Α΄ Οικουμενικής Συνόδου. Το κτήριο ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο μονόκλιτου καμαροσκεπή χωρίς τοιχογραφίες. Σε δεύτερη φάση επεκτάθηκε προς τα δυτικά, ενώ επικοινωνούσε και με δύο τόξα προς τα Β-ΒΔ. Στη δυτική εξωτερική πλευρά, πάνω από την πόρτα, υπάρχει το οικόσημο της οικογένειας Καλλέργη ενώ ένα δεύτερο οικόσημο των Καλλεργών, της πρώτης κατασκευαστικής φάσης του ναού, βρέθηκε σε δεύτερη χρήση κατά την αναστήλωση του Ναού από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Ρεθύμνου, παράλληλα με την ανασκαφική έρευνα στην μινωική εγκατάσταση στην περιοχή αυτή. Οι Άγιοι Πατέρες είναι οι Επίσκοποι που έλαβαν μέρος στην Πρώτη Οικουμενική σύνοδο που έλαβε χώρα στη Νίκαια της Βιθυνίας το 325 και καταδίκασε την αίρεση του Αρείου. Ο Ναός φέρει εγχάρακτη ημερομηνία 1658 στην είσοδο της τελευταίας κατασκευαστικής φάσης.