Ο Ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου στις Μαργαρίτες βρίσκεται στο κέντρο του οικισμού. Ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου καμαροσκεπούς ναού. Από τις τοιχογραφίες του σώζονται ελάχιστες και αποκαλύφθηκαν κάτω από τον ασβέστη μέσω των εργασιών συντήρησης. Τα αποσπάσματα των τοιχογραφιών έχουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον, γιατί μαρτυρούν την ύπαρξη ενός κύκλου της ζωής του Aγίου Ιωάννου και της Δευτέρας Παρουσίας. H πλαστικότητα των προσώπων και η εναλλαγή των χρωμάτων τοποθετούν τον εικονογραφικό διάκοσμο του ναού στις αρχές του 15ου αιώνα.