Ο Ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στις Μαργαρίτες βρίσκεται στη νοτιοδυτική πλευρά του οικισμού. Πρόκειται για ένα μονόχωρο καμαροσκέπαστο κτίριο. Αρχικά ο ναός ήταν μεγαλύτερος ή ενωνόταν με κάποιο κτίριο, όπως μαρτυρούν τα αρχιτεκτονικά λείψανα προσκτισμάτων, που τον περιβάλλουν από τα οποία όμως σώζονται λείψανα τοξοστοιχίας. Στο εσωτερικό του ναού η κάθε μια επιμήκης πλευρά κοσμείται με τρία τυφλά τοξωτά αψιδώματα. Το Ιερό χωρίζεται από το κύριο μέρος του ναού με ένα εντυπωσιακό λίθινο τέμπλο. Η κύρια είσοδος του ναού φέρει λαξευτό θύρωμα από πωρόλιθο. Το εικονογραφικό πρόγραμμα περιλαμβάνει το νεκρικό πορτρέτο του ιερέα Γεώργιου Κλάδου, που πέθανε το 1383, σκηνές από το βίο του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου του Θεολόγου και διάφορους αγίους μεταξύ των οποίων ξεχωρίζει ο Άγιος Mάμας, που εικονίζεται νέος, αγένειος, με γκλίτσα και αρνί στο χέρι. H απεικόνιση αυτή συνηθίζεται ιδιαίτερα σε κτηνοτροφικές περιοχές, όπως η επαρχία Mυλοποτάμου, όπου ο Άγιος είναι ο προστάτης των ποιμνίων. O ίδιος ήταν στην αρχή βοσκός κι ύστερα έγινε αξιωματικός.