Μετά την ανακατάληψη της Κρήτης από τους βυζαντινούς το 961 η παλιά επισκοπή Ελευθέρνης μετονομάστηκε σε Αυλοποτάμου ή Μυλοποτάμου με έδρα το σημερινό χωριό Επισκοπή του Δήμου Μυλοποτάμου από όπου προήλθε και η ονομασία του οικισμού.
Ο Επισκοπικός Ναός του Αγίου Ιωάννη στην Επισκοπή Μυλοποτάμου
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη στην Επισκοπή Μυλοποτάμου γνωστός ως Φραγκοκλησσιά, βρίσκεται στο κέντρο του οικισμού. Πρόκειται για ένα μεγάλο επισκοπικό ναό της δεύτερης βυζαντινής περιόδου ο οποίος μετατράπηκε σε έδρα λατινικής επισκοπής υπαγόμενης στον Λατίνο αρχιεπίσκοπο του Χάνδακα μετά την εγκατάσταση των Ενετών στην Κρήτη Μετά την συνθήκη του Αλεξίου Καλλέργη με τους Ενετούς, το 1299, η περιοχή όπου βρισκόταν το χωριό νοικιάστηκε στον Αλέξιο. Την περίοδο αυτή, στη θέση μεσοβυζαντινής τρίκλιτης βασιλικής, που καταστράφηκε πιθανόν από ένα πολύ δυνατό σεισμό το 1303, κτίζεται νέος ναός στον τύπο του εγγεγραμμένου σταυροειδούς με τρούλο που στηρίζεται σε τέσσερις πεσσούς. Στον νέο ναό ενσωματώθηκαν ο βόρειος και νοτιοδυτικός τοίχος της μεσοβυζαντινής βασιλικής, ενώ εξωτερικά της αψίδας του διακρίνονται θεμέλια παλαιοχριστιανικής βασιλικής, που αποδεικνύουν ότι στην ίδια θέση προϋπήρχε παλαιοχριστιανική βασιλική, από την οποία σώζονται και τμήματα του γλυπτού διάκοσμου. Εντυπωσιακός γλυπτός διάκοσμος, δυτικού τύπου, σώζεται στην ανατολική όψη του ναού, ενώ στο βόρειο τοίχο το υπέρθυρο ορθογώνιου θυρώματος κοσμεί ανάγλυφο οικόσημο του λατίνου επισκόπου Jacobo Sorreto με χρονολογία 1568. Στον ναό σώζονται τοιχογραφίες, των αρχών του 14ου αιώνα, που παρά την εκτεταμένη καταστροφή τους, μαρτυρούν εξαιρετικό ζωγράφο. Από τον τοιχογραφικό διάκοσμο διακρίνονται απεικόνιση της Παναγίας Πλατυτέρας που περιβάλλεται από αγγέλους σε ζεύγη, η Ετοιμασία του Θρόνου, οι Απόστολοι της Πεντηκοστής και η Ανάληψη.