Ο οικισμός της Επισκοπής βρίσκεται σε υψόμετρο 270μ και απέχει 35.5 χλμ. από το Ρέθυμνο. Αποτέλεσε την έδρα της Επισκοπής Αυλοποτάμου από τις αρχές της Β΄ Βυζαντινής περιόδου. Ο ερειπωμένος σήμερα ναός του Αγίου Ιωάννη, γνωστός ως Φραγκοκλησιά, κτίστηκε πάνω στα ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής, όπως μαρτυρούν γλυπτά μέλη από τον πρώτο ναό που έχουν ξαναχρησιμοποιηθεί. Πρόκειται για έναν μεγάλων διαστάσεων σταυροειδή εγγεγραμμένο ναό. Αποτέλεσε τον καθεδρικό ναό και την έδρα αρχικά της βυζαντινής επισκοπής Αυλοποτάμου και αργότερα της λατινικής επισκοπής. Τμήματα τοιχογραφιών του 14ου σώζονται στο ιερό. Στον ναό έχουν γίνει πολλές μετατροπές, ανακαινίσεις και διακρίνονται πολλές οικοδομικές φάσεις. Σε μία από αυτές τοποθετήθηκε στην νότια είσοδο ανώφλι με μεγάλη εγχάρακτη επιγραφή με τη χρονολογία ΜDLXVIII (δηλαδή 1568), και ανάγλυφος θυρεός που συνδέεται με τον λατίνο επίσκοπο Ιάκωβο Sorreto. Νότια του ναού κατασκευάστηκε το Επισκοπικό Μέγαρο, όπου κατοικούσε ο επίσκοπος.
Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας (1669-1878), ολόκληρο το συγκρότημα του δέχτηκε πολλές ανακατασκευές. Εκτός από τον ναό του αγίου Ιωάννη υπάρχει και ο ναός του Αγίου Γεωργίου ενετικής περιόδου, του Αγίου Αντωνίου και ο σπηλαιώδης ναός της Αγίας Θεοδώρας.
Ο οικισμός σώζεται σχεδόν αναλλοίωτος διατηρώντας σημαντικά κτίσματα της περιόδου της Ενετοκρατίας στην Κρήτη. Για το λόγο αυτό έχει χαρακτηριστεί διατηρητέο μνημείο. Πολλά κτήρια του οικισμού είναι ενδεικτικά για τον τρόπο που στοιχεία της ενετικής αρχιτεκτονικής μετεξελίχθηκαν και ενσωματώθηκαν στη λαϊκή κρητική αρχιτεκτονική.
