Ο Άγιος Ιωάννης βρίσκεται μεταξύ των οικισμών Καλύβου και Αγίου Μάμα σε υψόμετρο 430μ και απέχει 40 χλμ. από το Ρέθυμνο. Είναι χαρακτηρισμένος παραδοσιακός οικισμός. Η ονομασία του προέρχεται πιθανότατα από την ομώνυμη εκκλησία του Αγίου Ιωάννη του Χρυσόστομου. Η ιστορία του ξεκινάει την Βυζαντινή περίοδο. Σε κεντρικό σημείο του χωριού σώζεται το κονάκι ενός μεγάλου γαιοκτήμονα της ευρύτερης περιοχής. Πάνω από την εξωτερική θύρα του σώζεται οθωμανική επιγραφή, όπου αναγράφεται ο κάτοχος και ιδιοκτήτης, Μουσταφά Αγάς και η ημερομηνία 29 Αυγούστου 1792. Πρόκειται για ένα μεγάλο κτηριακό συγκρότημα που περιλαμβάνει την κατοικία και πολλούς βοηθητικούς χώρους.
Στο χωριό διατηρούνται τρεις εκκλησίες. Η κεντρική εκκλησία του χωριού είναι αφιερωμένη στον Άγιο Ιωάννη το Χρυσόστομο της οποίας το τέμπλο φέρει χρονολογία 1863. Στο κοιμητήριο του χωριού βρίσκεται ο ναός του Αγίου Γεωργίου του οποίου το τέμπλο σύμφωνα με επιγραφή ολοκληρώθηκε 1865. Στο βορειοανατολικό άκρο του οικισμού υπάρχει βυζαντινός ναός αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Το εσωτερικό είναι διακοσμημένο με τοιχογραφίες που χρονολογούνται περίπου το 1300. Στην κόγχη του ιερού σώζεται αποσπασματικά επιγραφή, όπου διακρίνεται το όνομα του ναού, Παναγία η Φανερωμένη, του αυτοκράτορα επί της βασιλείας του οποίου κτίστηκε ο ναός, Άγγελος Κομνηνός Ανδρόνικος Παλαιολόγος, το επώνυμο Καλιέργης, που παραπέμπει στην γνωστή οικογένεια των Καλλεργών, και το όνομα Θεόδωρος Δανιήλ, του ζωγράφου που τοιχογράφησε τον ναό.
